Eine besondere Rolle spielt die Lausitzer Neiße, ein linksseitiger Nebenfluss der Oder mit einer Länge von 251,8 Kilometer und einer Größe des Einzugsgebietes von 4.403,45 Quadratkilometer. Sie mündet bei Stromkilometer 542 in die Oder. Ihr Einzugsgebiet wird ebenfalls von den drei Ländern, der Tschechischen Republik, der Republik Polen und der Bundesrepublik Deutschland gebildet. Darüber hinaus ist sie auf fast 200 Kilometer Grenzfluss zwischen der Republik Polen und Deutschland.
Für die Lausitzer Neiße gilt wie für die Oder. Die anstehenden Herausforderungen zur Verbesserung des Risikomanagements beim Hochwasserschutz und die nachhaltige Sicherung der Ressource Wasser können nur gemeinsam angegangen werden.
Zur Koordinierung der erforderlichen Untersuchungen und Abhilfemaßnahmen wurde bereits 1999 auf der Grundlage eines Vertrages zwischen den Regierungen der Republik Polen, der Tschechischen Republik der Bundesrepublik Deutschland und der Europäischen Union die Internationale Kommission zum Schutz der Oder gegen Verunreinigung (IKSO) gegründet.